Estantes inferiores
Na Ordem inferior a BPNMafra possui LIV estantes, com I a XII prateleiras cada, perfazendo um total de 536 casas. As quatro ordens das LIV estantes contam-se de baixo para cima e da direita para a esquerda.
1 -Textos e Versões da Escritura Sagrada
2 - Filologia Sagrada
3 - Intérpretes da Escritura Sagrada
4 - Idem
5 - Teologia Parenética ou Sermões
6 - Concílios, Constituições e Cânones Apostólicos
7 - Direito Canónico Universal
8 - Idem
9 - Direito Canónico Universal e Particular
10 - Direito Eclesiástico Regular. Constituições das Ordens Religiosas e dos Bispados de Portugal, etc.
11 - Dicionários vários
12 - Autores Clássicos e Oradores Gregos e Latinos
13 - Idem
14 - Poetas Gregos, Latinos e Italianos
15 - História Literária e Bibliográfica
16 - História Tipográfica, Académica, Memórias da Academia Francesa
17 - Poligrafia e Simbologia
18- Medicina, Cirurgia e Farmácia
19 - Filosofia
20 - Matemáticas e História Natural
21 - Direito Natural, Público e Romano
22 - Jurisprudência Civil em geral
23 - Idem
24 - Jurisprudência Universal. Consultas e Decisões de Direito
28 - Direito Civil Alemão, Francês, Inglês e Espanhol
27 - Vários tratados de Direito Civil
26 - Vários tratados de Jurisprudência
25 - Conselhos de Direito Civil
29 - Direito Civil Lusitano
30 - Direito Civil dos Reinos de Itália
31 -Teologia Moral
32 - Geografia e Viagens
33 - História de Portugal em geral e particular
34 - História Genealógica
35 - História da Espanha em geral e particular
36 - História da Inglaterra e de outros Reinos
37 - História da França em geral e particular
38 - História Germânica, Romana, Numismática e Lapidária
39 - Antiguidades Romanas e História de Itália
40 - História Grega e Antiguidades da Itália
41 - História Universal e Cronológica
42 - História Monástica e Religiosa
43 - História Religiosa
44 - História Santa ou Vidas de Santos
45 - História Eclesiástica de diversos reinos
46 - História Eclesiástica Universal
47 - Teologia Litúrgica em geral e particular
48 - Teologia Dogmática
49 - Teologia Polémica
50 - Escritores Eclesiásticos
51 - Santos Padres da Igreja Romana
52 - Monumentos e Escritores da Igreja Grega e Latina
53 - Santos Padres e Escritores da Igreja Grega
54 - Prolegómenos da Escritura Santa, Física e Poligrafia Sagrada